Початки східного християнства на території майбутньої Холмської єпархії сягають X століття. Після офіційного хрещення Київської Русі, прийнятого її правителем Володимиром Великим у 988 році, християнські місії дійшли до західних рубежів цієї держави. Вже в 992 році в сусідньому Володимирі Волинському було засноване православне єпископство, в склад якого ввійшли, зокрема, території між річками Вепр і Буг, заселені руським людом. Правдоподібно тоді тут були закладені підвалини православної церковної організації. В одному з середньовічних історичних джерел під 1072 роком видніє інформація про холмського єпископа Іоана; вона, одначе, не знаходить підтвердження. Натомість відомо напевно, що в 1205 році вже існувала православна єпархія в Угруську над Бугом, зверхником якої був єпископ Йоасаф. Це був період територіальної роздрібленості Русі. Тут існувало багато князівств, кордони і правителі яких часто змінювалися. Території, що нас цікавлять, первісно входили до складу Володимирського князівства, яке потім було поділене на менші державні організми. В 20-х роках XIII ст. справу об’єднання Русі розпочав один із нащадків Володимира Великого – князь Данило Галицький. У результаті його зусиль руські землі з Києвом, Галичем, Володимиром були об’єднані в Галицько-Володимирське князівство, яке стало однією з найбільших держав тогочасної Центрально-Східної Європи. Столицею князівства князь Данило зробив засноване ним же місто Холм. У 1223 (або 1240) році він також переніс сюди з Угруська садибу єпископства. Князь Данило заснував у Холмі чотири церкви, в тому числі прекрасний собор на честь Богородиці на Холмській горі, який став кафедрою холмських єпископів. Саме тут розміщено Холмську чудотворну ікону Божої Матері, яка в X ст. була привезена на Русь з Константинополя і стала найбільшою святістю Холмщини. Відтоді місто Холм стало духовним центром цього регіону. В Холмському соборі спочили після смерті наступні холмські князі на чолі з князем Данилом, а також холмські єпископи. Першим єпископом, який зайняв холмську столицю, був єпископ Іван, що правдоподібно походив із сусіднього Володимира Волинського. Холмська єпархія з самого початку належала київській метрополії, яка знаходилася під юрисдикцією Константинопольського патріарха. До складу єпархії увійшли території між Вепром і Бугом – Холмщина, а також території за Бугом – Белзька земля, а єпископи, які перебували в Холмі, носили звання Холмсько-Белзьких єпископів. Території, які сьогодні становлять північно-східну частину єпархії – Південне Підляшшя, у той час все ще залишалися у складі Володимирської єпархії. Тоді на території Холмської єпархії вже існувала розбудована сітка парафій і кілька монастирів. Після смерті князя Данила (1264) Галицько-Володимирське князівство було поступово розділене, а значення Холма зменшилося. Нащадки князя правили в Холмі до другої половини XIV ст., коли ці території увійшли остаточно до складу польської держави. Незадовго після приєднання цих земель до Польщі тут почало осідати польське населення, тоді також на цих територіях розпочалася розбудова структур Католицької Церкви. В 1358 або 1359 році було створене католицьке холмське єпископство, згідно з принципом розміщення католицьких єпископств там, де раніше існували православні єпископства. Спочатку католицьке єпископство, однак, мало характер виключно номінальний, а на всій території Холмщини існувало заледве декілька католицьких костелів. Уже протягом XV ст. тут було збудовано 29 нових костелів, а на початку століття польський король Владислав Ягайло (1386-1434) обдарував католицькі холмські єпископства значними володіннями. Протягом XV-XVI ст. Православна Церква поступово втрачала свої права і впливи. Наприклад, у 1436 році заборонено будівництво і реставрацію православних церков. Обмежувалися також права вірних Православної Церкви, що як не могли займати деякі державні посади, так і виконувати певні функції в органах місцевого правління. Незважаючи на це, Православна Церква в Речі Посполитій могла функціонувати, опираючись на свої давні права, та й не всіх обмежень твердо дотримувалися. Однак, несприятливі умови спричинили певну кризу в житті Церкви. В цей період Холмсько-Белзька єпархія мала вже розбудовану і стабільну структуру. На той час вона займала територію близько 22 тис. км2 і нараховувала біля 320 парафій. У самому Холмі тоді було 5 церков. Існувало також кільканадцять монастирів, які відігравали значну роль у житті єпархії (зокрема, в Холмі, Угруську, Стовп’ї). Драматичну зміну ситуації Православної Церкви в Речі Посполитій спричинила Берестейська унія (1596), згідно з якою більшість православних ієрархів перейшла на католицизм і визнала зверхність Папи Римського. Одним із тих, хто підписав унію, був, зокрема, холмський єпископ Діонісій Збируйський. Однак, переважна більшість вірних також у Холмській єпархії не прийняла унії з Римом, яка, своєю чергою, мала підтримку з боку польського короля і могутньої Католицької Церкви. Внаслідок цього Православна Церква опинилася поза законом, а православних змушували прийняти унію. Часто для цього використовували насильницькі методи. В православних забирали храми і майно, навіть якщо в даній місцевості православні складали переважну більшість. Наприклад, у Холмі більшість вірних не прийняла унії, незважаючи на це православні не мали тут жодної церкви, всі були захоплені уніатами. Схожа ситуація була в інших містах і селах єпархії. Лише в місцевостях, що належали православній шляхті, церкви залишалися православними. Здійснювалися напади на православні храми, виганялося вірне православ’ю духовенство, нерідко доходило до кровопролиття. Символом опору православних проти унії став священомученик Афанасій Берестейський, родом з недалекого Берестя над Бугом. Православні Холмської і Белзької землі залишилися без свого архипастира, адже вони вже не визнавали уніатського єпископа Діонісія, а король не погоджувався на висвячення нового православного єпископа. Під свою опіку їх узяв екзарх Константинопольського патріарха єпископ львівський Гедеон. Тягар боротьби за права власної церкви більшою мірою ліг на плечі мирян. У цей період значними осередками опору проти унії стали деякі монастирі і церковні братства. До найстарших і найважливіших братств Холмської єпархії належали: Красноставське (засноване на початку XVI ст.), Люблинське (1586), a також Замойське (1589), яке в 1615 році отримало ставропігію, тобто було підпорядковане безпосередньо Константинопольському патріархові. В історії Холмської єпархії важливе значення мав 1620 рік, коли нелегально було відновлено православну ієрархію в Речі Посполитій. Здійснив це Єрусалимський патріарх Феофан, який під охороною козаків без відома короля висвятив у Києві нових православних єпископів. Серед них був холмський єпископ Паїсій. Нові православні ієрархи не були визнані державною владою і не могли офіційно виконувати свої функції. Також холмський єпископ Паїсій не був допущений до своєї кафедри, яка перебувала в руках уніатів, так само, як і єпископське майно. Він здійснював керівництво єпархією поза її межами – перебував у монастирі св. Онуфрія в Яблочині, який тоді входив до складу Володимирської єпархії. Великі зміни в ситуації православних відбулися у 1633 році, коли новий король Владислав IV погодився повернути Православній Церкві частину прав. У висвяченні нового київського митрополита Петра (Могили), яке відбулося у квітні 1633 року в Львові, взяв участь, зокрема, єпископ Холмський Паїсій. Однак, серед єпархій, які король погодився відродити, не було Холмської єпархії, а вірні цієї єпархії були підпорядковані Луцькому єпископові. Згідно з рішенням короля, православним мали бути повернені деякі зі забраних церков. На перешкоді цьому стояв, часто вживаючи силових методів, тогочасний уніатський єпископ. Саме переслідування Православної Церкви були однією з причин повстань українських козаків у XVII столітті. Найбільше з цих повстань, під проводом гетьмана Богдана Хмельницького, вибухнуло в 1648 році. Серед вимог козаків на першому місці стояло повернення прав Православної Церкви. В списках храмів, повернення яких вимагали козаки, було багато церков із Холмської єпархії. На захоплених козацьким військом територіях, православним повертали їх храми. Так сталося також на території Холмської єпархії, коли восени 1648 року сюди ввійшов зі своєю армією гетьман Б. Хмельницький. Після однієї з перемог козаків – під Зборовом у серпні 1649 року – був підписаний мирний договір, згідно з яким мало відродитися кілька православних єпископств (зокрема Холмська єпархія), а також було обіцяне повернення православним раніше забраних церков. На початку 1650 року новий Холмсько-Белзький православний єпископ Діонісій (Балабан) став на чолі єпархії і своєї кафедри в Холмі, яка тоді, після понад півстолітнього періоду, була повернена православним. Однак, уже в 1651 році, після поразки козаків під Берестечком, Холмська кафедра і багато інших церков потрапило до рук уніатів. Вони були повернені православним на короткий час, коли в 1654 році сюди ввійшли козацькі і російські війська (після Переяславського договору, який приєднав Україну до Росії). У 1658 році козацький гетьман Іван Виговський уклав з Річчю Посполитою новий Гадяцький договір, згідно з яким Україна мала здобути значну автономію, а також передбачалася ліквідація унії і запровадження повної свободи віросповідання для православних аж куди мова руського народу сягає. У договорі також передбачалося існування Холмської православної єпархії. Ця угода на практиці не ввійшла в життя, а в результаті остаточного приєднання Лівобережної України до Росії Православна Церква в Речі Посполитій втратила свого найвірнішого захисника – козаків. У Холмсько-Белзькій єпархії більшість церков на той час далі перебувала в руках православних, незважаючи на переслідування і утиски. В наступних роках упродовж XVII i XVIII століття ряд парафій і монастирів все ж таки приймає уніатство. Найдовше залишалися вірними православ’ю братства і деякі монастирі. Під кінець XVIII ст. вже лише нечисленні осередки на захід від Бугу залишалися православними, серед них був монастир св. Онуфрія у Яблочині. Під кінець XVIII ст. в результаті розборів Польщі західна частина Холмської єпархії, а також Підляшшя, увійшли до складу Австрійського царства, натомість менша східна частина – до складу Росії. Тоді до Холмської уніатської єпархії було приєднано території Підляшшя, які раніше належали Володимирсько-Берестейській єпархії. Нечисленні православні на Холмщині та Підляшші опинилися на той час під юрисдикцією православного митрополита Буковини. Після наполеонівських воєн, згідно з ухвалами Віденського конгресу (1815), Холмщина і Південне Підляшшя опинилися у складі Польського королівства, під скіпетром російських царів. На початку це не мало значного впливу на становище Православної Церкви на цій території, щойно під кінець 30-х років розпочалося відродження існуючих православних храмів, а також зведення нових храмів для російських чиновників і війська, в тому числі на територіях, де раніше православних не було – в західній частині Люблинщини. Місцеві православні парафії підпорядковувалися у той час Мінським єпископам, а з 1834 року – Варшавським. Упродовж XVIII i XIX ст. до Уніатської Церкви було запроваджено багато звичаїв і традицій, характерних для латинського обряду, через що він частково втратив свій східний характер, зазнавав також полонізації, незважаючи на те, що до нього належав руський люд. У першій половині XIX ст. в лоні Уніатської Церкви утворилися дві групи: прихильників дальшого уподібнення Римо-католицькій Церкві, а також тих, хто прагнув повернутися до східної традиції i припинити латинізацію та полонізацію. На початку 40-х років кілька сіл на півдні Холмщини навіть повернулося до православ’я. Російська влада, звісно, підтримувала групу, що прагнула повернення до східних традицій. Однак, більш рішучі кроки в справі делатинізації Уніатської Церкви вона зробила в 60-х роках. Це натрапило на опір частини уніатів, були навіть смертельні жертви. У 1875 році за активної участі державної влади відбулося офіційне об’єднання Холмської уніатської єпархії з Православною Церквою. Частина уніатів не хотіла повертатися до віри і традиції своїх предків. Представники російської державної влади застосовували щодо них суворі репресії, примушуючи офіційно прийняти православ’я. Холмська єпархія була тоді об’єднана з Варшавською і таким чином утворилася Холмсько-Варшавська єпархія з центром у Варшаві. Водночас у Холмі перебували вікарні єпископи, титуловані «Люблинський єпископ». У 1905 р. був виданий толеранційний указ царя Миколи ІІ, який дозволяв змінювати віровизнання. Біля 150-180 тисяч колишніх уніатів перейшло тоді на римо-католицизм і назавжди відійшло від своєї східної традиції і власної культури. В 1905 р. була відроджена також Холмська православна єпархія, її пастирем став єпископ Євлогій. Напередодні Першої світової війни в Холмській єпархії діяли 282 парафії, було 5 монастирів, видавалося кілька релігійних журналів, діяв єпархіальний музей, духовна семінарія і багато інших інституцій. Перша світова війна принесла великі зміни в житті Православної Церкви. Влітку 1915 року вглиб Російської імперії була евакуйована більшість православного населення, а також багато інших інституцій, у тому числі структури Православної Церкви. Територія єпархії опинилася під австрійською та німецькою окупацією. Австрійська окупаційна влада, під правлінням якої перебувала південна частина єпархії, ускладнювала життя нечисленному православному населенню, яке ще тут залишилося. Вона почала також передавати православні храми Римо-католицькій Церкві. Згідно з Берестейським трактатом, укладеним у лютому 1918 р. між Україною і Центральними державами, Холмщина і Південне Підляшшя мали ввійти до складу української держави. Однак, так не сталося, і на зламі 1918-1919 років територія Холмської єпархії повністю опинилася у складі відновленої польської держави. В наступних роках православне населення поверталося на батьківську землю. Після повернення православні, однак, не могли повністю відродити своє релігійне життя. Польське суспільство і влада неприхильно ставилися до Православної Церкви, її було позбавлено багатьох храмів і майна, які часто забиралися Римо-католицькою Церквою. Було обмежене також число православних парафій, наприклад, у 1925 році офіційно існувало лише 57 православних парафій і один монастир. Була зліквідована також сама Холмська єпархія. Державна влада втручалася у внутрішнє життя Православної Церкви. Наприклад, ставилася вимога про полонізацію Церкви, змушували переходити на новий стиль (грегоріанський календар). Представники державної влади усували неугодних їм священиків. Однак, найбільші переслідування Православної Церкви на Холмщині та Підляшші розпочалися 1938 року, коли тут було зруйновано понад 150 православних храмів. Друга світова війна принесла багато трагедій та знищень також для Православної Церкви. Окупаційна німецька влада, однак, дала дозвіл на відродження структур Православної Церкви – в 1940 році була відновлена самостійна Холмсько-Підляська єпархія, яку очолив видатний український вчений проф. Іван Огієнко – архиєпископ Іларіон. Тоді були відроджені десятки парафій, заснована в Холмі духовна семінарія, музей, видавництво. У воєнні і післявоєнні роки загинуло, часто мученицькою смертю, багато православних священиків і вірних. Після закінчення війни польська комуністична влада прийняла рішення про виселення українського православного населення. У 1944 – 1947 рр. здійснювалося виселення цього населення на територію Радянської України, а також на північні і західні землі, які дісталися Польщі після війни (акція «Вісла»). На території Холмської єпархії залишилося небагато православних і кілька парафій, а також один монастир (у Яблочині), а єпархія незабаром була зліквідована. Частина вірних повернулася на батьківські землі після 1956 року, і тоді частково тут відродилися структури Православної Церкви. Переломним став 1989 рік, коли вже вкотре на цій території була відновлена православна єпархія, на цей раз під назвою «Люблинсько-Холмська». ЇЇ очолив єпископ Авель, а новим центром єпархії стало місто Люблин.